在二三萬年前，古人類——扎賚諾爾人就在呼倫湖一帶繁衍生息，創造了呼倫貝爾的原始文化。[4]
公元前209年，匈奴族征服東胡族，統一了北方草原，呼倫貝爾地區屬其三部領地之一的左賢王庭轄地。
公元一世紀，活動在鄂倫春旗一帶的拓跋鮮卑族“南遷大澤”（即呼倫湖），取代了匈奴的統治，建立了鮮卑部落聯盟。并由此入主中原，建立了北魏王朝。這是中國歷史上第一個少數民族政權。
在鮮卑人的余部室韋部落和回紇、突厥、黠戛斯以及遼代的契丹、金代的女真族相繼征戰和統治呼倫貝爾之時，蒙古諸部在呼倫貝爾悄然興起。
呼倫貝兒街景
呼倫貝兒街景
公元八世紀，生活在額爾古東岸的成吉思汗的先祖蒙兀室韋部遷移至斡難河、克魯倫河、土拉河的發源地肯特山區。12世紀，當成吉思汗登上政治舞臺統一蒙古草原時，又返回呼倫貝爾，在這里進行了幾次大的決定性戰役，消滅了政敵，打破了長期幾個大部落勢力均衡的局面，最后統一了蒙古高原。從此，北方草原上形成了一個具有語言、地域和文化共同性、在經濟生活中有許多共同特點的民族——蒙古族。蒙古帝國建立后，實行“領戶分封制”。
1214年，成吉思汗將呼倫貝爾草原的大部分地區分封給他的大弟拙赤·哈撒爾（額爾古納市黑山頭古城便是他的故都），其余部分分封給他的二弟合赤溫·額勒赤及外戚德薛禪家族，嶺東地區分封給他的幼弟帖木歌·斡赤斤。元朝建立后，創立行省制。
1288年，諸王封地納入行省，嶺西地區劃入嶺北行省和林路管轄，嶺東劃入中書省泰寧路和遼陽行省山北遼東路管轄。元亡后，成吉思汗的子孫們退守蒙古草原，先后游牧于呼倫貝爾草原的是元順帝的后裔和成吉思汗大弟后裔，直至歸附后金。
清朝建立后，由鄂溫克、達斡爾、巴爾虎蒙古、鄂倫春人組成的布特哈八旗兵、索倫八旗兵和巴爾虎八旗兵，勇猛善戰，鎮守著邊疆，為防御沙俄入侵，保障驛站暢通，維護邊疆安寧做出了貢獻。[4]
嶺西地區曾于1912-1920年實行地方自治，脫離黑龍江省。
1920年后重歸黑龍江將軍節制，仍設副都統衙門，同時設善后督辦兼交涉員公署，并設呼倫、臚濱、室韋、奇乾縣，形成旗、縣并存和分治的局面。嶺東地區也保留西布特哈總管公署，同時設雅魯縣，布西縣，直屬黑龍江省。
東北淪陷時期，嶺東為興安東省，嶺西為興安北省，均直轄于偽滿洲國。
1945年8月日本投降，10月嶺西地區建立呼倫貝爾自治省政府，1946年10月改稱呼倫貝爾自治政府。1948年1月1日改稱呼倫貝爾盟，歸屬內蒙古自治區政府。于1945年10月在嶺東地區建立納文慕仁省，1946年6月改稱納文慕仁盟，受中共領導的興安省政府領導，1947年5月歸屬內蒙古自治政府領導。
1949年4月，呼倫貝爾盟和納文慕仁盟合并，稱呼倫貝爾納文慕仁盟，簡稱呼納盟。[4]
1953年4月1日，成立內蒙古自治區東部行政公署，簡稱東部行署，署址設在烏蘭浩特。同時撤銷原哲里木、興安、呼納三個盟的建制，其中原呼納盟的海拉爾、滿洲里、烏蘭浩特變為內蒙古自治區的直轄市，其工作委托東部行署代管。
1954年4月30日，撤銷東部區行政公署，將原興安盟和呼納盟所轄地區合并，改爾呼倫貝爾盟，成立呼倫貝爾盟人民政府，作為一級政權，直屬內蒙古自治區領導。盟政府設在海拉爾市。
1957年2月21日，呼倫貝爾盟人民政府改稱呼倫貝爾盟人民委員會。
1958年6月1日，撤銷呼倫貝爾盟人民委員會，改為內蒙古自治區的派出機構，設行政公署于海拉爾市，改稱呼倫貝爾盟行政公署。
1967年12月20日，建呼倫貝爾盟革命委員會，為臨時權力機構，行使原呼盟行政公署職權。
1969年8月1日，呼盟大部分地域劃歸黑龍江省管轄，一部分（原興安盟的大部分）劃歸吉林省管轄。
1979年7月，恢復1969年前的區劃，呼盟重新劃歸內蒙古自治區管轄。
1980年7月，恢復興安盟建制，呼盟恢復1954年4月前的區劃。
2001年10月10日，撤銷呼倫貝爾盟設立地級呼倫貝爾市；撤銷海拉爾市設立海拉爾區。呼倫貝爾市轄原呼倫貝爾盟的阿榮旗、莫力達瓦達斡爾族自治旗、鄂倫春自治族、鄂溫克族自治旗、陳巴爾虎旗、新巴爾虎左旗、新巴爾虎右旗和新設立的海拉爾區；代自治區人民政府管轄滿洲里市、牙克石市、扎蘭屯市、額爾古納市和根河市。
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